(一)卫生行政部门
市卫生局负责全市手足口病的监测工作管理、经费和物资保障。各区县卫生局负责辖区内手足口病监测的组织实施、相应的经费和物资保障。
(二)疾控机构
重庆市疾控中心全市监测方案的制定，监测系统管理和质量控制工作。负责业务指导和人员培训，收集、分析全市监测资料，实验室负责病例病原菌的分离培养工作。
县级疾控中心负责标本的收集、运送，培训指导医疗机构相关工作人员。积极开展暴发疫情调查处理工作。
（三）医疗机构
负责病例报告、登记、核对，标本采集，协助完成流行病学调查和标本运送，对医护人员进行相关知识培训。
