疟疾的发病可分发作、再燃和复发三种形式，它们的区别和机制分述如下：
发病与定时发作
感染了疟原虫的雌性按蚊，在叮咬人吸血时，子孢子从蚊的唾液腺进入人的血液循环中，经30分钟，子孢子随血流进入肝脏内，在肝实质细胞内发育，进行裂体增殖，成熟裂殖体直径约45-60μm，内含数以万计的裂殖子。此时尚未引起临床症状，这个时期称红细胞外期(exo-erythrocytic stage)又称肝内期或组织期,此期的长短因疟原虫种而异，短者约5天半，长者约15天。由于红细胞外期裂殖体成熟而增大，使肝细胞破裂，大量裂殖子进入血流，裂殖子及其代谢产物等被认为是致热物质，刺激丘脑的体温调节中枢引起发热，寒热发作是人体对异性蛋白的反应。疟原虫在血流中进行无性增殖，裂殖子进入红细胞后发育为小滋养体（环状体），形状如宝石戒指，接着发育为大滋养体、裂殖体，成熟裂殖体破裂，释放出大量裂殖子，又侵入大量红细胞内。一个裂殖体增殖周期所需的时间，就是定时发作的间隔时间。此时期称红细胞内期(erythrocytic stage)。如果通过输血将红细胞内期的原虫输给受血者，也是经过裂体增殖，然后发病。经过几个裂体增殖周期后，部分裂殖子不再进行裂体增殖而发育成雌、雄配子体，经过在按蚊体内的发育，又去传播给其他人。
再燃
临床上所见的疟疾患者再次发病有再燃和复发两种原因，再燃是指疟疾患者经过治疗后，症状消失，血涂片检查难以查到疟原虫，但由于药物杀虫不彻底，仍有少量残存的原虫，隔一段时间，尚存的疟原虫经过裂体增殖而不断增多，又出现疟疾临床症状。
复发
由肝组织内的迟发性疟原虫发育并进入血液而引起疟疾症状再发者，称为复发（relapse）。疟疾复发是一个复杂问题，也是疟原虫生活史中唯一未完全阐明的问题。国内学者用猴疟模型进行观察，证明猴间日疟原虫即食蟹猴疟原虫(Plasmodium cynomolgi)在肝内的发育是不同步的，部分红细胞外期裂殖体发育成熟，释放裂殖子到血流中引起发病时，另一部分红细胞外期裂殖体仍处于未成熟甚至早期状态，因此，即使经过药物治疗，清除了血流内的原虫，但隔三个月左右，在肝内发育较慢的裂殖体仍然可发育至成熟，并释放裂殖子到血流中引起近期复发(short term relapse)。至于隔6-９个月或更长时间出现的复发，即远期复发(long term relapse)，国外学者提出的一种解释，目前暂时被同行们接受。Lysenko等提出，间日疟原虫子孢子进入肝细胞后，在发育速度上具有多态性，即有快慢之别，快者为速发性子孢子，慢者为迟发性子孢子，它们是引起近远期复发的原因。随后，Krotoski等用间接荧光抗体染色，在肝切片中查见正常发育的裂殖体，直径为30~35um，同时查到直径为4.5～6.6um的未发育的原虫，称为休眠体(hynozoite)。因而作出解释，认为这种休眠体，在肝内处于休眠状态，后来被激活，再继续发育为成熟裂殖体而引起复发。
